Il y a cent quarante ans, lors de la période mouvementée qui marqua la fin de l'ère Tokugawa, un samouraï nommé Battosaï l'assassin vivait à Kyoto. Tueur redoutable, il laissait derrière lui de véritables carnages, nourissant ainsi l'espoir de voir s'ouvrir une ère nouvelle. Mais alors que la guerre civile s'achevait, il disparut. Nul ne sait ce qu'il est devenu...
Depuis la mort de ses parents, Kaoru vit seule au dojo Kamiya, théâtre de ses leçons de kendo. Aux prises avec un dangeureux tueur, celle-ci sera sauvée à deux reprises par un mystérieux vagabond. Ainsi fait-elle la rencontre de Kenshin auquel elle offrira de bon coeur l'hospitalité.